Jezuici lekceważyli wskazania arcybiskupa Utrechtu, formując jednocześnie pogląd, jakoby cała Holandia miała być terenem misyjnym, toteż szybko zrazili sobie miejscowe katolickie duchowieństwo diecezjalne oraz krajowe kierownictwo kościelne, które trzymało się starokościelnych praw autonomii narodowej, a w nauce wiary – zasad starego Kościoła.
Jednakże bezpośrednim powodem powstania niezależnego Kościoła Utrechtu było pomówienie przez jezuitów – katolików holenderskich, głównie zaś arcybiskupa Piotra Codde o sprzyjanie jansenizmowi. Na skutek wrogiego nastawienia holenderskiej zwierzchności protestanckiej do katolików, ks. Piotr Codde nie otrzymał tytułu arcybiskupa Utrechtu, ale arcybiskupa Sebasty z obowiązkiem administrowania kościołem w Utrechcie. W 1702 r. został on suspendowany przez papieża, a niedługo potem odwołany z funkcji. 27 kwietnia 1723 r. Arcybiskupia Kapituła Utrechcka na mocy przysługującego jej prawa wybrała na stanowisko arcybiskupa Utrechtu Corneliusa Steenovena i powiadomiła papieża o wyborze. Gdy nie doczekano się odpowiedzi Ojca świętego, a na zwołanie soboru nie było widoku, nastąpił rozłam między Kościołem Utrechtu a Rzymem. Kościół Utrechcki stał się samodzielny: w 1724 w Amersfoort utworzono Arcybiskupie Seminarium Duchowne, zostały także obsadzone wakujące siedziby biskupie w Harlemie i Deventer.