21 i 22 czerwca 2007 w Brukseli odbył się szczyt Rady Europejskiej, na którym miano uzgodnić zakres możliwych zmian w przyszłym traktacie, a w praktyce zakres odstępstw od postanowień TKE, niezbędnych dla zaakceptowania nowego traktatu przez wszystkie państwa członkowskie. Po długich negocjacjach, które przeciągnęły się aż do 23 czerwca, wypracowano kompromis, który przyjął kształt szczegółowego mandatu negocjacyjnego dla konferencji międzyrządowej mającej przygotować ostateczny projekt traktatu reformującego. Mandat precyzyjnie przesądzał, które z postanowień TKE – ze zmianami lub bez – zostaną przeniesione do TUE i TWE oraz przewidywał niewielką liczbę nowych, niewystępujących w TKE zmian. Konferencja rozpoczęła prace podczas prezydencji Portugalii, od spotkania ministrów spraw zagranicznych 23 lipca 2007 w Brukseli. Wtedy też prezydencja portugalska przedstawiła pierwszy projekt traktatu reformującegohttp://www.consilium.europa.eu/igcpdf/en/07/cg00/cg00001.en07.pdf..
Ostateczny kształt traktatu został uzgodniony przez szefów państw i rządów podczas szczytu UE w Lizbonie w dniach 18–19 października 2007. Po dopracowaniu techniczno-redakcyjnym i przetłumaczeniu na wszystkie języki urzędowe UE, traktat reformujący UE został podpisany 13 grudnia 2007 r.