W roku 1729, gdy osiągnął wiek lat 16, powrócił do Hiszpanii, by dostać się do Kompanii Gwardii Morskiej, szkoły dla oficerów marynarki. Dostał się na tę akademię w roku 1730 i studiował geometrię, trygonometrię, nawigację, hydrografię i kartografię. Nauczył się też rysować, muzykować i tańczyć. Studia ukończył w roku 1734. W wieku 22 lat dowodził korwetą w wyprawie przeciw Oranowi i w działaniach wojennych w Neapolu.
Kariera W roku 1734 Filip V Burbon wysłał Jorge Juana i innego naukowca, Antonio de Ulloa, by dołączyli do francuskiej wyprawy organizowanej przez paryską Akademię Nauk. Wyprawą dowodził Charles de La Condamine. Mieli mierzyć równik w Ameryce Płd, by zbadać kulistość ziemi. Dnia 26 maja 1735 opuścili Kadyks. Towarzyszył im markiz de Villagarcía, który został właśnie mianowany wicekrólem Peru. Jorge Juan dostał się na statek "El Conquistador", a Antonio de Ulloa na fregatę o nazwie "Incendio". Dotarli do Quito w dzisiejszym Ekwadorze. Po 9 latach badań dowiedli, ze ziemia jest nieco spłaszczona na biegunach. Po powrocie do Hiszpanii (po 9 latach) został kapitanem.