Program zakłada współpracę pomiędzy państwami członkowskimi przy znacznym zaangażowaniu UE. W ramach rynku wewnętrznego EU program stawia sobie za cel wspieranie połączeń transportowych, energetycznych i telekomunikacynych, a przez to wzmacnianie współdziałania operacyjnego sieci krajowych i rozszerzenie ich dostępności. Szczególną wagę program przykłada do konieczności połączenia wysp, regionów zamkniętych i peryferyjnych z centralnymi regionami EU. Instrumentem wspomagającym wysiłki finansowe państw członkowskich w ramach projektów będących przedmiotem wspólnego zainteresowania są gwarancje kredytowe, subwencje stopy procentowej oraz Fundusz Spójności. Dopełnieniem programu sieci Transeuropejskie jest program Euret.
W budżecie na lata 2014–2020 Komisja Europejska zaproponowała utworzenie nowego instrumentu „Łącząc Europę” (ang. Connecting Europe Facility – CEF) jako sposobu finansowania rozwoju sieci transeuropejskich. Zgodnie z wnioskiem, w perspektywie 2012–2020 na CEF miałoby zostać przeznaczone ok. 40 mld euro, w tym 21,7 mld euro na sieci transportowe. Ponadto wniosek przewiduje dedykowanie na rzecz sieci bazowej transeuropejskiej infrastruktury transportowej kwoty 10 mld euro z Funduszu Spójności.