Jego miejsce zajął w styczniu 1943 już na stałe Ernst Kaltenbrunner, sprawując owo stanowisko do końca wojny. Reichssicherheitshauptamt (RSHA) nadzorował również Einsatzgruppen – oddziały specjalne, które dopuściły się masowych mordów w krajach okupowanych przez III Rzeszę, zwłaszcza w Związku Radzieckim i Polsce.
Struktura RSHA dzielił się początkowo na 6, później na 7 departamentów (po niemiecku AmtSłowo Amt na język polski tłumaczy się jako urząd.): Departament I: Administracja i prawo (dla całego RSHA). Kierowali nim kolejno: dr Werner Best (październik 1939 – lipiec 1940), Bruno Streckenbach (lipiec 1940 – styczeń 1943), Schulz (luty 1943 – listopad 1943) i Ehrlinger (listopad 1943 – maj 1945) Departament II – Sprawy organizacyjno-finansowe, podział na 4 jednostki organizacyjne. Departamentem kierowali kolejno: dr Werner Best (październik 1939 – lipiec 1940), później płk dr Hans Nockenmann, Siegert i Spacil II A: Lokale, budżet, płace II B: Sprawy ekonomiczne, kontakty z Ministerstwem Sprawiedliwości, areszty (z wyjątkiem więzień i obozów), transport aresztantów II C: Administracja materialna służb czynnych Sipo-SD II D: Grupa techniczna (szczególnie służby transportowe) Departament III – Sicherheitsdienst, sprawy wewnętrzne, Partia. Czynny wywiad podzielony na 5 grup. Służba główna liczyła 300-400 agentów.