W 2006 została rekomendowana przez posłów Platformy Obywatelskiej na sędziego Trybunału Konstytucyjnego, jednak jej kandydatura nie uzyskała wystarczającej większości w Sejmie. W tym samym roku powołano ją do Kolegium Najwyższej Izby Kontroli. W 2007 weszła w skład rady programowej reaktywowanego przez Stefana Bratkowskiego Konwersatorium Doświadczenie i Przyszłość. W 2008 objęła stanowisko dyrektora Fundacji Współpracy Polsko-Niemieckiej. Razem z profesor Gesine Schwan została współprzewodniczącą Forum Polsko-Niemieckiego.
W 2010 klub parlamentarny PO przedstawił jej kandydaturę na stanowisko rzecznika praw obywatelskich. 10 czerwca tego samego roku została wybrana na ten urząd przez Sejm. 8 lipca 2010 wybór ten został zatwierdzony przez Senat. Urząd objęła 21 lipca tego samego roku po złożeniu ślubowania. 9 września 2015 zakończyła pełnienie tej funkcji, gdy ślubowanie przed Sejmem złożył jej następca Adam Bodnar. Wcześniej w tym samym roku została przewodniczącą zarządu dla regionu europejskiego.