W 1988 spędził rok w Washington D. C. w USA, gdzie zaczął studiować teologię religii. Był wykładowcą dogmatyki na Uniwersytecie Salezjańskim w Rzymie i przez 12 lat (1981–1987 oraz 1993–1997) dziekanem Wydziału Teologicznego. W 1991 był prorektorem, a w latach 1997–2000 wicerektorem tej uczelni. Był konsultorem Kongregacji Nauki Wiary i Papieskiej Rady Popierania Jedności Chrześcijan, a także Kongregacji ds. Biskupów. Był współautorem deklaracji Dominus Iesus.

19 grudnia 2002 został wybrany biskupem tytularnym Sili i sekretarzem Kongregacji Nauki Wiary, gdzie pracował pod kierunkiem najpierw Josepha Ratzingera, późniejszego papieża Benedykta XVI, a następnie kard. Williama Josepha Levady. Został konsekrowany na biskupa 6 stycznia 2003 przez papieża Jana Pawła II. Współkonsekratorami byli abp Leonardo Sandri i abp Antonio Maria Vegliò. 9 lipca 2008 został mianowany przez Benedykta XVI prefektem Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych.

Przewodniczył następującym beatyfikacjom Polaków w imieniu papieża: