W końcu Marię Amalię przydzielono wnukowi Ludwika XV, Fernandowi Parmeńskiemu. Amalię ta decyzja zdruzgotała, ponieważ kochała się namiętnie w Karolu, księciu Palatynatu-Zweibrücken. Jednak Maria Teresa nie uważała tego niemieckiego księcia za odpowiednią partię. Ferdynand był o sześć lat młodszy niż Amalia i przysługiwał mu tytuł księcia, zatem jego żona miała być tylko księżną, choć jej młodsza siostra Karolina została królową. Jednak taki układ zgadzał się ze strategią cesarzowej i nie można było tego uniknąć. Decyzja kontrastowała ze sposobem, w jaki Maria Teresa potraktowała Marię Krystynę, starszą siostrę Amalii. Cesarzowa zgodziła się na niezbyt opłacalny ślub Marii Krystyny, podczas gdy Amalia musiała wyjść za mąż bez miłości co sprawiło, że przepełniło ją rozgoryczenie.
Małżeństwo i dzieci Maria Amalia opuściła Austrię 1 lipca 1769 roku, ku wielkiemu cierpieniu rodziny arcyksiężniczki. Ślub z Ferdynandem odbył się 19 lipca. Amalia i Ferdynand doczekali się siedmiorga dzieci: Karolina (1770–1804);