W czerwcu 1997 przy uczelni rozpoczęło działalność Międzynarodowe Stowarzyszenie Studentów Nauk Ekonomicznych i Handlowych, które zapoczątkowało nauczanie niepedagogicznego kierunku – ekonomii. W 1998 wprowadzono ceremoniał akademicki, a w grudniu tego roku ostatecznie zasiedlono gmach Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego przy ul. Świętokrzyskiej. W styczniu 1999 Senat uczelni przekształcił Wydział Zamiejscowy w Filię w Piotrkowie Trybunalskim (uchwała w tej sprawie formalnie weszła w życie 8 marca 2000)M. Kmieciak, s. 301–303..
Akademia Świętokrzyska i Uniwersytet Humanistyczno-Przyrodniczy (2000–2011) thumb|Centrum Edukacji Artystycznej zostało otwarte w styczniu 2012 roku thumb|Centrum Języków Obcych oddane do użytku w 2013 (obecnie część budynku Wydziału Humanistycznego) thumb|Centrum Przedsiębiorczości i Biznesu W 2000 Wyższą Szkołę Pedagogiczną przekształcono w Akademię Świętokrzyską im. Jana Kochanowskiego w KielcachUstawa z dnia 7 czerwca 2000 r. o nadaniu Wyższej Szkole Pedagogicznej im. Jana Kochanowskiego w Kielcach nazwy „Akademia Świętokrzyska im. Jana Kochanowskiego w Kielcach” ().. W październiku tego roku utworzono Instytut Kształcenia MedycznegoM. Kmieciak, s. 303.. W kwietniu 2002 oficjalnie otwarto jego nową siedzibę przy al.