Po wystawieniu swojej kolekcji monet na Międzynarodowym Kongresie Filologów w Dreźnie w 1844 roku zrozumiał, że sprzedając ją stanie się finansowo niezależny. W celu znalezienia odpowiedniego nabywcy wyjechał do Anglii i w 1845 roku złożył ją w depozycie londyńskiego muzeum, jednak ciągłe zwlekanie z decyzją o sprzedaży oraz nieszczęśliwy splot wydarzeń w 1853 roku pozbawiły go wspaniałej kolekcji, nie przynosząc mu większego zysku. W międzyczasie w roku 1847 powrócił do Berlina i na Uniwersytecie Berlińskim objął posadę wykładowcy języków wschodnich (głównie tureckiego).
W r. 1846 wydał Nowy przekład dziejów tureckich, dotyczących historii polskiej; była to jego polemika ze wspomnianym wyżej pismem Sękowskiego, który zbyt nieprzychylnie odnosił się do dziejów Polski, za to zbytnią sympatię okazywał dziejom tureckim (taką krytyczną opinię o pracy Sękowskiego podzielali i inni uczeni, m.in. Adam Mickiewicz, chociaż inni podkreślali, że reakcja Pietraszewskiego była przesadzona).