Król usiłuje się go pozbyć, do czego wynajmuje specjalistę, który okazuje się kotem, ale ostatecznie ojciec Fiony widzi, że jego córka jest szczęśliwa i akceptuje zięcia.
Shrek Trzeci Król Harold decyduje, że Shrek i Fiona mają pełnić obowiązki panującej pary królewskiej. Oboje nie czują się jednak w tej roli najlepiej, a Shrek z miłą chęcią wróciłby na swoje bagno. Umierający już władca postanawia więc, że jeśli odnajdą następcę tronu z rodziny, który obejmie rządy i godnie ich zastąpi, będą mogli opuścić królestwo i żyć własnym życiem. Odpowiednim kandydatem na króla jest siostrzeniec królowej Lilian, książę Artur. Shrek wyrusza, razem ze swoimi wiernymi druhami – Osłem i Kotem w butach – w daleką podróż, aby odnaleźć i przekonać zbuntowanego Artura, który jest szkolnym pechowcem, że powinien zasiąść na tronie. Przy odjeździe dowiaduje się od Fiony, że jest ona w ciąży. Podczas nieobecności Shreka, Fiona przebywa na zamku z królową i innymi księżniczkami. Niestety Książę z Bajki przeprowadza w królestwie zamach stanu. Fiona organizuje ruch oporu, który ma przeciwstawić się uzurpatorowi, ale książę aresztuje spiskowców. Gdy Shrek się o tym dowiaduje, udaje się z Arturem do czarodzieja Merlina, który przenosi ich do Zasiedmiogórogrodu.