Gdy przegrywa, nigdy się nie poddaje i może nadal pracować nad poprawianiem parametrów swoich pokémonów.

Rozgrywka Gdy gracz pokona wszystkich liderów znajdujących się na wyspie Johto, udaje się do New Bark Town, skąd odbywa podróż wodną do drogi w rejonie Kanto. Później musi trafić na ligę pokémonów w Indigo Plateau, w której ma za zadanie walczyć ze wszystkimi liderami grupy Elite Four. Jeżeli bohater zdoła ich pokonać, kończy się gra, a potem gracz po raz kolejny rozpoczyna przygodę w New Bark Town, gdzie udaje się do laboratorium profesora Elma, aby otrzymać od niego kartę S.S.Aqua na przejazd statkiem znajdującym się w Olivine City oraz prowadzącym do Vermilion City w Kanto. Kiedy bohater dotrze do nowego miasta (Vermilion City), rozpoczyna wędrówkę po sąsiedniej wyspie.

Do pokonania jest 16 liderów (z czego 8 znajduje się w Johto, a drugie 8 w Kanto), 5 liderów grupy Elite Four, Kanto Challenge (liderzy z gier Pokémon Red i Blue), a na samym końcu czeka walka z Redem, znanym z poprzednich części serii. Wszystkie te wyzwania czynią grę drugą najdłuższą grą Pokemon.