W 1521 klasztor został opuszczony przez zakonników. Dwa lata później książę szczeciński Bogusław X przeprowadził sekularyzację jego majątku ziemskiego. Było to pierwsze przejęcie majątku kościelnego na PomorzuIrmfried Garbe, Martin Luter i początki reformacji na Pomorzu i w Szczecinie do 1525/1526 roku [w:] Paweł Gut (red.), Społeczne i kulturowe dzieje ewangelików szczecińskich. 500-lecie reformacji w Szczecinie Zamek Książąt Pomorskich, Szczecin 2024, ISBN 978-83-60816-90-5, str. 17. Lustracje dawnego założenia monastycznego przeprowadzone w latach 1558 i 1560 wymieniają oprócz kościoła również budynki browaru, piekarni, kuchni, a także tzw. Dom Przeora, który w XVI w. prawdopodobnie przez jakiś czas zaadaptowany został na potrzeby księcia Barnima, co miało usprawiedliwiać jego nową nazwę – Dom Zamkowy ().
W 1560 zabudowania spaliły się od pioruna.W 1616 spłonął od pioruna kościół i zostały z niego tylko mury obwodowe. Zawaliła się także kościelna wieża. W 1. połowie XVII w., rozpoczął się proces rabowania cegieł i kamieni fundamentowych z ruin dawnego klasztoru. W 1633 materiał budowlany wydobyty w Białobokach został wykorzystany przy odbudowie trzebiatowskiego kościoła św. Mikołaja. W 1676 miejsce dawnego opactwa było całkowicie opuszczone.