Kampania wrześniowa W czasie kampanii wrześniowej 1939 był przydzielony do sztabu Armii „Poznań” gen. Tadeusza Kutrzeby. Wziął udział w bitwie nad Bzurą. Wraz z niedobitkami armii przedostał się do oblężonej Warszawy i wziął udział w jej obronie. Po kapitulacji załogi stolicy znalazł się w niemieckiej niewoli, w Oflagu VI B Dössel (nr jeniecki 48988/IV A). Nie doczekał wyzwolenia – zginął 27 września 1944 podczas alianckiego nalotu. Został pochowany na cmentarzu w Dössel (obecnie część miasta Warburg) razem z 184 innymi zabitymi w tym tragicznym zdarzeniu.
Symboliczna inskrypcja pamięci Stanisława Biegi została umieszczona na grobowcu rodzinnym na Cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera PPRK-1-240).
Życie prywatne W 1923 ożenił się z Ireną, z domu Helbich. Mieli syna Stanisława (ur. 1925), który w 1944 walczył w Górach Świętokrzyskich, następnie wyjechał do Australii. Owdowiał w 1937 po długiej chorobie żony. Powtórnie się ożenił w 1938 z Eugenią Żukowską, która była później osadzona w obozie w Ravensbrück (zm. 1990). Mieli syna Macieja (1939–1993), którego ojciec nie zdołał zobaczyć po urodzeniu.