W ramach prac Konferencji Episkopatu Polski wszedł w skład Rady Głównej (od 1996 Rady Stałej), pełnił funkcje przewodniczącego Komisji ds. Duszpasterstwa Ludzi Pracy i Komisji ds. Duszpasterstwa Ludzi Morza, zasiadał w Komisji ds. Seminariów Duchownych, Komisji ds. Zakonnych, Komisji Prawnej i Komisji Iustitia et Pax, a także był referentem ds. Biskupów Emerytów. W latach 1996–2004 współprzewodniczył Komisji Wspólnej Rządu RP i Konferencji Episkopatu Polski. Pełnił również funkcję przewodniczącego Komitetu ds. Wizyty Apostolskiej Ojca Świętego Jana Pawła II w Polsce w 1999. Należał do Papieskiej Rady ds. Duszpasterstwa Migrantów i Podróżnych oraz Kongregacji ds. Biskupów.
Był współkonsekratorem podczas sakr biskupów pomocniczych gdańskich: Zygmunta Pawłowicza (1985), Ryszarda Kasyny (2005) i Zbigniewa Zielińskiego (2015), a także biskupa pomocniczego warmińskiego Jacka Jezierskiego (1994) i biskupa pomocniczego toruńskiego Józefa Szamockiego (2000).
Zmarł 3 maja 2016 w Uniwersyteckim Centrum Klinicznym w Gdańsku, gdzie przebywał po przejściu rozległego udaru mózgu. 6 maja 2016 został pochowany w krypcie biskupów gdańskich w archikatedrze oliwskiej.