Wyróżnia się następujące różnice w stosunku do somatycznego układu nerwowego: nierównomierne rozmieszczenie ośrodków w ośrodkowym układzie nerwowym występowanie włókien nerwowych przed- i zazwojowych odmienna budowa względnie wolne przewodzenie impulsów nerwowych (0,5 m/s) wydzielanie w synapsach eferentnych (ruchowych, odśrodkowych) nie tylko acetylocholiny, ale również noradrenaliny efektory, którymi są mięśnie gładkie, tkanka mięśniowa poprzecznie prążkowana typu sercowego i gruczoły.
Omawiając budowę układu, należy rozróżnić jego trzy elementy budowy: ośrodki autonomiczne (korowe, podwzgórzowe i rdzeniowe), kierujące częścią współczulną i przywspółczulną część współczulną i przywspółczulną sploty autonomiczne narządowe.
Najważniejsze czynności tego układu to: rozszerzanie lub zwężanie źrenicy pobudzanie ślinianek do wydzielania śliny lub ich hamowanie przyśpieszanie lub hamowanie czynności serca rozkurczanie lub zwężanie oskrzeli zwężanie naczyń krwionośnych powodujące wzrost ciśnienia tętniczego krwi/ rozszerzanie naczyń krwionośnych powodujące spadek ciśnienia tętniczego krwi pobudzenie gruczołów nadnerczowych do wydzielania nasilenie skurczów przewodu pokarmowego rozszerzanie/kurczenie pęcherza