Lata 1420–1424 to okres ciągłych walk. Jan Žižka najpierw walczył z krzyżowcami sprowadzanymi przez Zygmunta Luksemburskiego do Czech, a następnie prowadził akcje pacyfikacyjne przeciw sojusznikom króla w pd. Czechach. W czerwcu 1421 w czasie oblężenia zamku Rabí został ranny w drugie oko i niemal całkowicie stracił wzrok.
Husyci zmuszeni walczyć z liczniejszym przeciwnikiem wypracowali oryginalny sposób walki, w którym pierwszoplanowe znaczenie miało wykorzystanie wozów taborowych jako ruchomych murów. Jan Žižka dzięki tej taktyce, znanej jako Wagenburg, odniósł zwycięstwa w wielu bitwach.
Zmarł w Přibyslaviu w 1424 roku. Jako hetmana zastąpił go Prokop Wielki.
Jan Žižka uznawany jest za jednego z najwybitniejszych dowódców w historii. Nie przegrał żadnej bitwy. Stosował nowatorskie rozwiązania, znacznie wyprzedzając swoje czasy. Wynalezione przez niego opancerzone wozy, uzbrojone w niewielkie działa i rusznice, bywają uznawane za pierwowzór czołgów, wyprzedzający je o około 500 lat. Podobne wozy były stosowane w późniejszych latach przez armie wielu krajów.