W 1212 roku górę Tabor zajął sułtan Al-Adil, który nakazał wzniesienie wokół opuszczonego klasztoru silnych fortyfikacji. Mur obronny miał długość 1750 metrów i był wzmocniony dziesięcioma wieżami. W 1217 roku twierdza odparła oblężenie wojsk króla węgierskiego Andrzeja II (V wyprawa krzyżowa). Ponieważ góra była celem nieustannych ataków Templariuszy, muzułmanie zniszczyli w 1229 roku fortyfikacje i opuścili twierdzę. W 1241 roku do klasztoru powrócili chrześcijańscy mnisi. Decyzją papieża Aleksandra IV, w 1255 roku klasztor przypadł joannitom. Mieli oni zwyczaj przekształcania klasztorów i szczytów gór w obronne twierdze, jednak najwyraźniej zajęli tylko istniejące budynki klasztoru, nie odbudowując fortyfikacji. W 1263 roku górę zajął sułtan Bajbars, który nakazał całkowicie zniszczyć wszystkie zabudowania klasztorne. W 1517 roku Palestyna przeszła pod panowanie osmańskie. Za zgodą władz osmańskich w 1631 roku na górze Tabor powstał klasztor franciszkański. Podczas wyprawy Napoleona do Egiptu, 16 kwietnia 1799 roku doszło do francusko-tureckiej bitwy pod Górą Tabor, w której zdecydowanymi zwycięzcami okazali się Francuzi. W 1862 roku prawosławny patriarchat Jerozolimy wybudował tutaj klasztor i skromną cerkiew. Pod koniec XIX wieku w obszarze góry osiedliło się koczownicze plemię beduińskie.