Usługi przewozów towarowych zainaugurowano w 1950 na niewykorzystywanych przez wojsko samolotach transportowych C-46 Commando. W tym samym roku przeprowadzono pierwsze loty rejsowe do Stanów Zjednoczonych. El Al od samego początku istnienia przestrzegały religijnych zasad judaizmu (Halacha), takich jak żywność koszerna i wstrzymywanie się od lotów podczas szabatu. Gdyby Dawid Ben Gurion nie spełnił tych warunków, partie religijne nie przystąpiłyby do jego rządu, pozostając w parlamentarnej opozycji.
Jako izraelskie państwowe linie lotnicze El Al wzięły udział w kilku tajnych operacjach. Między czerwcem 1949 a wrześniem 1950 ewakuowano podczas operacji „Zaczarowany dywan” 49 tysięcy Żydów z Jemenu i Adenu. Na przełomie 1951 i 1952 podczas operacji „Ezdrasz i Nehemiasz” ewakuowano drogą powietrzną 120 tysięcy Żydów z Iraku. W 1960 samolot El Al przewiózł z Argentyny do Izraela porwanego przez agentów Mosadu nazistowskiego zbrodniarza wojennego Adolfa Eichmanna.
W 1955, po kilku latach używania samolotów Lockheed Constellation, linie zakupiły dwie Britannie produkcji Bristol Aeroplane Company. El Al były drugą linią na świecie, po British Overseas Airways Corporation, które wprowadziły ten typ samolotu do eksploatacji.