Bujny rozwój cerkwi prawosławnej na Rusi, a potem w Rosji zaowocował podniesieniem metropolity moskiewskiego do rangi „patriarchy Moskwy i całej Rusi”, mocą ukazu cara Fiodora I z 1589. Fakt ten został w 1591 zatwierdzony przez synod pozostałych prawosławnych patriarchów, przy czym w hierarchii patriarchatów Moskwie przyznano miejsce za Jerozolimą (w ten sposób w cerkwi prawosławnej znów pojawiło się pięć patriarchatów, gdyż Rzym został wykreślony jako „upadły”). Patriarchat moskiewski został jednak w 1700 zniesiony przez cara Piotra I, który powierzył władzę nad rosyjską cerkwią prawosławną Świętemu Synodowi. W 1917 wszechrosyjski synod przywrócił patriarchat w Moskwie.
Kolejno powstające prawosławne Cerkwie autokefaliczne powoływały własnych patriarchów. Obecnie istnieją prawosławne patriarchaty rumuński (od 1925), bułgarski (od 1953), gruziński (1012–1811 i od 1917), serbski (1346–1459, 1577–1766 i od 1920).