Cliff Martinez odszedł z grupy w 1986, zastąpił go Jack Irons, niemający chwilowo zespołu ani stałej pracy. Zespół chciał zatrudnić Ricka Rubina do wyprodukowania ich trzeciego albumu, lecz ten odrzucił ich ofertę. Zespół w końcu zatrudnił Michaela Beinhorna, który był ich ostatnim wyboremApter, 2004. ss. 130-141. Ponowne zjednoczenie wszystkich pierwotnych członków zespołu ożywiło twórczość grupyKiedis, Sloman, 2004. s. 205.
29 września 1987 roku, wydano album The Uplift Mofo Party Plan. Był on pierwszym albumem Red Hot Chili Peppers, który pojawił się na liście Billboard Hot 200 (na 148 miejscu), odniósł znaczący sukces, w porównaniu do pierwszych dwóch albumów.
W tym okresie Kiedis i Slovak popadli w poważne uzależnienie od narkotykówKiedis, Sloman, 2004. ss. 219-25, często opuszczali grupę, nie pojawiając się na próbach. Uzależnienie Slovaka doprowadziło do jego śmierci 25 czerwca 1988, krótko po zakończeniu trasy koncertowej promującej The Uplift Mofo Party PlanKiedis, Sloman, 2004. s. 222. Kiedis opuścił miasto i nie uczestniczył w pogrzebie Slovaka, nie mogąc uwierzyć w zaistniałą sytuacjęKiedis, Sloman, 2004. ss. 210-223. Następnie Jack Irons opuścił zespół, nie chcąc być członkiem grupy, „w której jego przyjaciele umierają”.