Mszanka ma wiele dopływów. W kolejności od jej ujścia w górę rzeki większe z nich to: prawobrzeżne: Potok Morysów, Szklanówka, Słomka, Potok Ściborów, Łostóweczka, Łętówka, Potok Pieczonków, Wierzbienica, Głęboki Potok, Butorów Potok, Pajdzików Potok, Potok Dudów, lewobrzeżne: Porębianka, Dziedziny, Potok Bolsęgów, Potok Kubików, Mętny, Rychlów, Ratulowiec, Rosocha, Potok Średni, Doliny Borkowe, Potok Redyków.
W rzece żyje wiele ryb. Łowić wolno je tylko wędką na sztuczną muchę. Od 2008 obowiązuje na całej rzece zakaz zabierania złowionych ryb zgodnie z zasadą C&R (catch and release) – złów i uwolnij. Na podstawie pomiarów przeprowadzonych na Mszance w 2005 r. w 3. kilometrze od jej ujścia stwierdzono, że jej woda miała I klasę czystości, co wskazuje na zupełny brak zanieczyszczeń antropogenicznych.
Rzeka jest na znacznej części swojego biegu uregulowana hydrotechnicznie. Znajdują się na niej betonowe stopnie wodne (specjalne tamy), które w czasie letnich upałów wykorzystywane są jako kąpieliska. W okresie dużych przyborów wód rzeka nie mieści się w swoim łożysku i zalewa okoliczne miejscowości, obrywa brzegi i miejscami zmienia swój bieg.