Był również scholastykiem gnieźnieńskim i kanonikiem krakowskim, potem dziekanem wrocławskim, od 11 marca 1502 – koadiutorem, a od 1506, po śmierci Jana IV Rotha, biskupem wrocławskim. Na stanowisku tym odbył 7 synodów diecezjalnychUstawodawstwem synodalnym Jan Thurzo starał się podnieść poziom duchowieństwa śląskiego mając samemu świadomość własnych zaniedbań w religijnej gorliwości. Wniosły one niewiele zmian, gdyż uznano, że istniejące prawa są wystarczające. i wspólnie z bratem swym Stanisławem, biskupem ołomunieckim, koronował trzyletniego Ludwika Jagiellończyka na króla czeskiego. Król polski Jan I Olbracht korzystał z usług Jana Thurzo w misjach dyplomatycznych.
Jako biskup dbał we wrocławskiej diecezji o kult św. Anny, pozostawał wierny tradycjom i przepisom kościelnym. Biegły w naukach i wysokich cnót pasterz, otwarty na nowe idee i prądy w kulturze i w teologii, utrzymywał kontakty z Erazmem z Rotterdamu, Marcinem Lutrem i Filipem Melanchtonem. Nie był luteraninem, ale tolerował wydawanie już w 1518 we Wrocławiu, na terenie jego diecezji, pierwszych kazań Lutra o odpustach i łasce, a w 1519 – jego następnych kazań i dysputy lipskiej. Ta tolerancyjność była przyczyną zwrócenia się wrocławskiej kapituły katedralnej do biskupa Thurzo z prośbą, by w porozumieniu z radą miejską wydał zakaz druku „pism heretyckich”.