Fundusz Kościelny – fundusz powołany na mocy art. 8 ustawy z 20 marca 1950 roku o przejęciu przez państwo dóbr martwej ręki, poręczeniu proboszczom posiadania gospodarstw rolnych i utworzeniu Funduszu Kościelnego (). Miał znajdować się pod nadzorem ministra administracji publicznej. Miesiąc później Sejm zreorganizował administrację centralną i m.in. powołał do życia Urząd do Spraw Wyznań.. Odtąd Fundusz Kościelny do 1989 znajdował się w strukturze UdSW jako samodzielny referat.
Obecnie Fundusz Kościelny działa na rzecz wszystkich Kościołów i innych związków wyznaniowych posiadających uregulowany status prawny w Rzeczypospolitej Polskiej (także tych, którym państwo niczego zabrać nie mogło, gdyż powstały po roku 1950). Według rejestru MSWiA jest ich ponad 160. Większość pieniędzy z Funduszu dostaje Kościół katolicki. Od 1990 roku jedynym źródłem finansowania Funduszu jest budżet państwa.
Organizacja funduszu Organizację, organa i tryb działania Funduszu Kościelnego określa statut stanowiący załącznik do uchwały nr 148 Rady Ministrów z dnia 7 listopada 1991 r. w sprawie statutu Funduszu Kościelnego (). Fundusz Kościelny nie posiada osobowości prawnej.