przedstawiciel Rządu wyjaśnił, że nałożenie na Fundusz Kościelny obowiązku finansowania ubezpieczeń społecznych osób duchownych Ustawą z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych nie stanowiło realizacji zapisów Konkordatu między Stolicą Apostolską i Rzecząpospolitą Polską i może być zmienione bez porozumienia z przedstawicielami Kościołów. Zamianę Funduszu Kościelnego „na bardziej nowoczesne sposoby finansowania różnych form działalności kościołów” zawierać ma przygotowywana przez Ministerstwo Administracji i Cyfryzacji Ustawa o zmianie ustawy o gwarancjach wolności sumienia i wyznania oraz niektórych innych ustawProjekt ustawy o zmianie ustawy o gwarancjach wolności sumienia i wyznania oraz niektórych innych ustaw..
W grudniu 2012 Klub Poselski Ruch Palikota podjął próbę ograniczenia finansowania Funduszu zgłaszając m.in. 5899 poprawek do projektu ustawy budżetowej na 2013 rok, z których każda kolejno zmniejszała o 12 tys. zł dotacje i subwencje w części 43 – Wyznania religijne oraz mniejszości narodowe i etniczne w rozdziale 75822 – Fundusz Kościelny, z przeznaczeniem na utworzenie nowej rezerwy celowej pod nazwą „Finansowanie zabiegów in vitro”.