II wojna światowa W czasie okupacji, wielokrotnie aresztowany, aż w końcu 16 maja 1941 został wtrącony do więzienia na Pawiaku, a następnie przewieziony do niemieckiego obozu koncentracyjnego Auschwitz. Według świadków, obozie odznaczała się jego podstawa, jako człowieka niosącego bliźnim pomoc i oferującego bratnią rozmowę. Skupiał na modlitwach zrozpaczonych więźniów, pocieszał, spowiadał, a nawet w skrytości wygłaszał kazania.
Gdy kapo się dowiedział, że Franciszek Kilian jest księdzem, zmaltretował go, kopnął w brzuch i wyrzucił z komanda pracy. Jako więc niezdolny do zajęć fizycznych ks. Kilian został skazany na śmierć głodową w bloku 11, zwanym blokiem śmierci.
Ks. Franciszek Kilian zmarł śmiercią głodową 10 listopada 1941, a jego szczątki zostały spalone w krematoryjnych piecach.
Jest jednym z 122 Sług Bożych wobec których 17 września 2003 rozpoczął się, proces beatyfikacyjny drugiej grupy męczenników z okresu II wojny światowej.
Zobacz też 108 błogosławionych męczenników Słudzy Boży II procesu beatyfikacyjnego drugiej grupy polskich męczenników z okresu II wojny światowej obóz zagłady
Przypisy Henryk Kietliński, Słudzy Boży z Polskich Prowincji Stowarzyszenia Apostolstwa Katolickiego (Pallotyni), Ząbki 2007, s.