Fannie Mae jest jednocześnie jedną z największych firm w USA i na świecie. W rankingu Fortune 500 w roku 2004 uplasowała się na 20. miejscu. W , zawierającej 2000 największych przedsiębiorstw światowych, Fannie Mae znajdowała się w 2007 roku na 57. miejscuRanking Forbes Global 2000 na rok 2007..
Historia Fannie Mae została stworzona w roku 1938 jako część planu New Deal Franklina Delano Roosevelta. Pierwotnie była agencją rządową. Celem założenia FNMA było zapewnienie płynności na rynku kredytów hipotecznych. Przez następne 30 lat, Fannie Mae miała praktycznie monopol na operacje na wtórnym rynku tych kredytów w USA.
W roku 1968, w ramach równoważenia budżetu federalnego, Fannie Mae została przekształcona w korporację prywatną. Jednocześnie firma przestała być gwarantem hipotek wystawionych przez rząd; ten cel przejęła nowo powstała agencja Government National Mortgage Association ().
7 września 2008 wskutek kryzysu kredytów hipotecznych firma została przejęta przez rząd USA wraz z gigantycznym długiem.