Po rozpoczęciu się II wojny światowej Pilica została zajęta przez oddziały niemieckie we wrześniu 1939. Synagoga w Pilicy została spalona przez hitlerowców jesienią 1939. W 1941 w mieście zostało utworzone getto, dokąd wysiedlonych zostało około 2000 Żydów. Następnie w 1942 społeczność żydowska miasta została przesiedlona do getta w Wolbromiu, a stamtąd do obozów koncentracyjnych. Zniszczony został stary cmentarz żydowski, a pochodzące z niego macewy zostały później wykorzystane w fundamentach położonych w jego pobliżu budynków. W lutym 1943 przez okupanta została przeprowadzona ponadto akcja wyburzania budynków należących wcześniej do Żydów, jak również ogrodzenia starego cmentarza żydowskiego. W okresie 1942–1943 nowy cmentarz żydowski stał się miejscem straceń złapanych przez Niemców Żydów ukrywających się w okolicznych lasach, natomiast w 1945 doszło tu do egzekucji około 70 mieszkańców Pilicy oraz pobliskich miejscowości przez żandarmerię wojskową.
Katolicyzm W mieście funkcjonuje rzymskokatolicka parafia św. Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelisty, należąca do dekanatu pilickiego wchodzącego w skład diecezji sosnowieckiej. Świątynią parafialną pozostaje kościół św. Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelisty. Do parafii należy również filialny kościół św. Jerzego w Pilicy, kaplica Najświętszej Marii Panny Częstochowskiej w Kocikowej oraz kaplica na cmentarzu w Pilicy.
Prawosławie