W sierpniu 1898 francuski minister wojny Cavaignac ustalił, że dowody zostały spreparowane przez kapitana Henry’ego. Kapitan wywiadu popełnił samobójstwo, a we wrześniu tego roku mjr Esterhazy przyznał się do winy.
W sierpniu 1899 odbył się kolejny proces. Sąd, broniąc honoru armii, uznał Dreyfusa za winnego i skazał na dziesięć lat więzienia, zaliczając mu pięcioletni pobyt na wyspie. Skutkiem nacisku opinii publicznej 19 września 1899 prezydent Francji anulował wyrok. Jednak dopiero w lipcu 1906 francuski Najwyższy Sąd Apelacyjny całkowicie anulował wyrok sądu wojskowego, senat przywrócił Dreyfusowi stopień kapitana, awansował go do stopnia majora i odznaczył Legią Honorową.
Afera miała jednak bardzo istotne reperkusje dla życia politycznego i społecznego Francji – prawica, zwłaszcza skrajna, została zepchnięta na margines, w 1905 weszły w życie uregulowania dotyczące rozdzielenia Kościoła od państwa, zaś armia została poddana cywilnej kontroli.
Nieoczekiwanym skutkiem sprawy Dreyfusa była zmiana postawy austriackiego dziennikarza pochodzenia żydowskiego, Theodora Herzla, który – poruszony niesprawiedliwością procesu i społecznymi reakcjami we Francji – zapoczątkował ruch syjonistyczny.
Oddźwięk w kulturze Afera stanowi punkt wyjścia dla rozważań Hannah Arendt w książce Korzenie totalitaryzmu.