Lotnictwo cywilne otrzymało od wojska 71 Junaków 2 i 93 Junaki 3, które zostały następnie rozdzielone pomiędzy poszczególne aerokluby regionalne, cierpiące na braki w miarę nowoczesnych samolotów. Używano ich do szkolenia i treningu do lat 60. Junaków 2 używano również do holowania szybowców. Ostatnie samoloty Junak 2 (SP-BBT) i Junak 3 (SP-BOG) wycofano z eksploatacji 1972 roku.
Konstrukcja Junaka prezentowała średni poziom techniczny, lecz był on pierwszym samolotem polskiej konstrukcji, budowanym w dużej serii po II wojnie światowej, która doszczętnie zniszczyła dobrze rozwinięty przed wojną polski przemysł lotniczy. Mimo to był udanym samolotem, statecznym w locie i poprawnym w pilotażu. Do jego wad należała mało komfortowa i ubogo wyposażona w przyrządy kabina. Samoloty Junak były zwykle nazywane: LWD Junak, mimo że LWD zajmowała się projektem jedynie na początkowym etapie, lub WSK Junak od nazwy producenta; oznaczenie TS-9 nie było natomiast w praktyce używane. Trzeba zaznaczyć, że Junak był pierwszym powojennym samolotem polskiej konstrukcji produkowanych w dużych seriach (252 szt.) i wprowadzonych do wyposażenia lotnictwa wojskowego.