Gdy w 1918 odzyskano niepodległość, Czesi manifestowali swoją wolność, odchodząc od Kościoła katolickiego. Czwartym czynnikiem, który wpłynął na sytuację obecną – środowisko katolickie w Czechach jest mniejszością – były lata rządów komunistycznych. Władze skutecznie starały się izolować Kościół od reszty społeczeństwa: zlikwidowano seminaria, pozostawiając jedno dla całych Czech i Moraw, narzucono limit przyjęć, zlikwidowano zakony i zgromadzenia, proboszczowie podlegali sekretarzom partyjnym, aktywnych kapłanów przenoszono do martwych parafii, sekretarze partyjni byli obecni na zebraniach dekanalnych.
W latach 40. i 50. XX w. zaczął powstawać Kościół podziemny. Największą inicjatywą była wspólnota Koinótés, zapoczątkowana w 1964 roku przez Felixa Marię Davídka (1921–1988), tajnie wyświęconego na biskupa w roku 1967. W ramach Koinótés wyświęcono potajemnie 15 biskupów i około 160 księży, w tym kilka kobiet (np. Ludmila Javorová). W roku 1996 święcenia kobiet uznano za nieważne, podobnie jak i inne udzielone przez Davídka, ponieważ przyjęta przez niego sakra biskupia została ostatecznie uznana za wątpliwie ważną.