Podczas jego pobytu za granicą partią kierowali i Rudolf Slánský, Gottwald powrócił do Czechoslowacji w lutym 1936 roku.

W krytycznym momencie zagrożenia Czechosłowacji ze strony III Rzeszy zabiegał o współpracę partii komunistycznej ze wszystkimi siłami demokratycznymi i patriotycznymi. Po układzie monachijskim i zakazie działalności KPCz przez rząd Czecho-Słowacji w listopadzie 1938 roku ponownie wyjechał do ZSRR. Po ataku Niemiec na ZSRR ewakuował się do Ufy. Zaangażował się w działalność Komitetu Wszechsłowiańskiego. W grudniu 1943 porozumiał się z prezydentem Edvardem Benešem i czechosłowackim rządem emigracyjnym w Londynie w sprawie zjednoczenia antyniemieckiego ruchu oporu.

Cierpiał na alkoholizm. We wrześniu 1944 roku przeszedł zawał serca.

Powrót do Czechosłowacji i prezydentura

thumb|Podpisanie układu o przyjaźni i wzajemnej pomocy między Czechosłowacją a Polską, siedzą; Jan Masaryk, Klement Gottwald i Józef Cyrankiewicz 10 maja 1945 przyjechał do Pragi i objął oficjalnie urząd wicepremiera w rządzie premiera Zdenka Fierlingera. Został też przewodniczącym Frontu Narodowego Czechów i Słowaków.