Wnętrza zaprojektował Stanisław Bukowski. Prace zakończono w 1958 r., przeznaczając ratusz na siedzibę Muzeum Okręgowego. Zasadniczą zmianą wprowadzoną przy odbudowie, było podpiwniczenie budynku i połączenie alkierzy z centralną częścią obiektu łącznikami (w miejscu historycznych arkad), co zapewniło wewnętrzną komunikację.
Misja i działalność Misją Muzeum jest budowanie tożsamości regionalnej poprzez rozwój i ochronę dziedzictwa kulturowego, dlatego jej głównym mottem jest: „Dziedzictwo kulturowe – ciągłość tradycji i bogactwo regionu”. Ambicją muzeum jest również kreowanie i utrwalanie polskości w tożsamości europejskiej oraz promocja wewnętrzna i zewnętrzna dorobku kulturowego województwa podlaskiego. Misja muzeum realizowana jest poprzez działalność, której główne osie stanowią: gromadzenie zabytków/muzealiów i materiałów dokumentacyjnych; organizacja i prowadzenie badań, ekspedycji naukowych oraz prac wykopaliskowych; organizacja wystaw stałych i czasowych; prowadzenie działalności oświatowej, np.