nazwę Raphus wspomniał w 1. tomie Ornitologie, zaś w tomie 5. pokrótce opisał dodo. Epitet gatunkowy cucullatus oznacza w łacinie „zakapturzony”, od cucullus „kaptur”. Dodo był już znany wcześniejszym autorom, którzy opisywali go między innymi pod nazwami Cygnus/Cignus cucullatus. Słowo dodo pochodzi od potocznego portugalskiego słowa doido, oznaczającego „głupi”.
W 2016 ukazały się wyniki badań molekularnych nad gołębiami. Potwierdziły one wcześniejsze przypuszczenia, zgodnie z którymi dront dodo, dront samotny (Pezophaps solitaria) i nikobarczyk (Caloenas nicobarica) są ze sobą blisko spokrewnione. Według wyników badań linie rozwojowe drontów: dodo i samotnego oddzieliły się od siebie około 13,1 mln lat temu, zaś wspólny przodek obydwu drontów od linii rozwojowej Caloenas oddzielił się około 18 mln lat temu. Oznacza to, że obydwa dronty oddzieliły się od swojego najbliższego latającego przodka co najmniej 10 mln lat przed wyłonieniem się z oceanu wysp Mauritius i Rodrigues, których endemitami później się stały. Według wcześniejszych badań (Pereira et al., 2007) dodo i dront samotny oddzieliły się od linii rozwojowej Caloenas 33,5–50 mln lat temu, zaś od siebie nawzajem 15–30 mln lat temu.
Fragment kladogramu rodziny gołębiowatych (Columbidae), na podstawie Soares et al.