Pierwsze szczątki kopalne dodo odkryli właśnie w 1865 Harry Higginson i George Clark na bagiennym obszarze Mare aux Songes. Nie jest znane dokładne położenie miejsca, skąd wydobyto skamieniałości. W celu zapobiegnięcia rozprzestrzeniania się malarii bagno Mare aux Songes zasypano diabazami i żwirem. Dopiero w 2005 roku ponownie podjęto prace wydobywcze i odnaleziono liczne szczątki, w tym dodo; kości należały do 209 osobników. Kumulacja tych zwierzęcych szczątków nastąpiła między 4235 a 4100 rokiem p.n.e.

W 2009 w zbiorach na całym świecie znajdowało się około 10 szkieletów dodo. Jeden z nich, poskładany z kości kilku osobników, został w 2009 przetworzony na cyfrowy trójwymiarowy model w ramach programu prowadzonego przez Muzeum Zoologii Porównawczej Uniwersytetu Harvarda. Dwa spośród znanych szkieletów odnalazł na początku XIX wieku przyrodnik amator Louis Etienne Thirioux. W 1901 wykonano zdjęcie, na którym widnieje niekompletny szkielet dodo;