W czasach reformacji, decyzją Jana Bugenhagena klasztor św. Katarzyny służył jako szkoła łacińska, przekształcona później w Katharineum (niem. Katharineum zu Lübeck). Na początku XVII w. część pomieszczeń poklasztornych otrzymała biblioteka miejska. Kościół św. Katarzyny stał się kościołem filialnym Kościoła Mariackiego. Odprawiono tu msze szkolne oraz żałobne. W bocznej sali chóru zbierał się trzy razy do roku konsystorz, by orzekać w sprawach rodzinnych i małżeńskich. W 1829 również i to pomieszczenie oddano bibliotece.
Podczas francuskiej okupacji Lubeki (1806-1813) wojska napoleońskie urządziły w kościele stajnię a następnie lazaret.
W 1841, z inicjatywy Carla Juliusa Milde, w prezbiterium górnym powstała pierwsza kolekcja sztuki średniowiecznej. Milde zatroszczył się o przechowanie i bezpieczeństwo klasztornych dzieł sztuki. Kolekcja ta dała w 1915 początek zbiorom średniowiecznej sztuki sakralnej w muzeum w klasztorze św. Anny (niem. St.-Annen-Museum).