Debiut w II lidze przypadł 29 lipca 1995 roku w Gdańsku, w którym Start przegrał 0:2 z innym beniaminkiem, gdańską Polonią. Premierowy sezon (1995/1996) na zapleczu ekstraklasy NKS zakończył na 8. pozycji. Latem 1998 roku klub dokonał kolejnej zmiany nazwy, tym razem na Varta/Alkaline. Kolejne 2 sezony drużyna z Namysłowa również kończyła na 8. pozycji. Łącznie namysłowski zespół spędził w II lidze 3,5 sezonu, ostatni ligowy mecz rozgrywając 31 października 1998 roku z Polonią Bytom (mecz odbył się w Namysłowie i zakończył się wynikiem 0:0). 6 stycznia 1999 roku klub – za sprawą Ryszarda Raczkowskiego, ówczesnego prezesa i właściciela – został przeniesiony do Opola, aby od rundy wiosennej sezonu 1998/1999 występować w II lidze pod nazwą Odra/Varta Opole. I to był koniec potęgi Startu Namysłów. Tym samym seniorski zespół Startu Namysłów zniknął z piłkarskiej mapy Polski. W międzyczasie namysłowianie dwukrotnie docierali też do 1/16 finału Pucharu Polski na szczeblu centralnym. W sezonie 1993/1994 ulegli w Namysłowie 0:1 Legii Warszawa, natomiast w edycji 1998/1999 nie sprostali (też w Namysłowie) Odrze Wodzisław Śl. (1:1 po 120 minutach, karne 2-4).