Szwajcarzy walczyli bohatersko, ale ostatecznie ogromna przewaga liczebna nacierających doprowadziła do niemal całkowitej zagłady oddziału. Przeżyło tylko szesnastu, którzy bezpośrednio otoczyli papieża i zdołali wyprowadzić go przez Passetto di Borgo – tajne przejście łączące Watykan z Zamkiem Świętego Anioła. Po wkroczeniu do bazyliki wymordowano ok. 200 pozostających jeszcze przy życiu uciekinierów i żołnierzy – część masakry odbyła się na schodach prowadzących do głównego ołtarza bazyliki.
Po brutalnej egzekucji ok. 1000 obrońców papieskiej stolicy i świątyń rozpoczęło się intensywne rabowanie i plądrowanie miasta trwające 8 dni. Kościoły, klasztory, pałace były pierwszym celem. Ale w poszukiwaniu wartościowych przedmiotów grabiono nawet grobowce (m.in. papieża Juliusza II). W tym czasie zaginął złoty krzyż Konstantyna, który od tysiąca dwustu lat przebywał w bazylice świętego Piotra. Biblioteka Watykańska ocalała tylko dlatego, że stała się kwaterą główną księcia Filiberta Orańskiego, który po śmierci Bourbona został nominalnym dowódcą zbuntowanej armii.