We wrześniu 1942 wstąpił do Narodowych Sił Zbrojnych w charakterze instruktora przygotowującego kadry dla wywiadu. Nadal utrzymywał kontakt z Arnoldem Nierzwickim – szefem ekspozytury „Zachód” NSZ. Według dokumentów niemieckich zaczął znów pracować w wywiadzie pomorskim względnie takowy rozbudowywać. W tym samym dokumencie podano, że w końcu 1942 r. Arnold Nierzwicki skierował go do kierownika oddziału wojskowego Pomorza w Warszawie (chodzi o Jana Kamińskiego – p.o. Komendanta Okręgu Pomorskiego ZJ i NSZ). Tam został przydzielony jako oficer informacyjny i osoba werbująca członków organizacji. Spotkania z Janem Kamińskim odbywały się przy ul. Widok 1. W celu zamaskowania swojej konspiracyjnej działalności zatrudnił się w firmie przewozowej – „Ostdeutsches Spedition Und Transportunternehmen – Theodor Wierzchowski”, która cieszyła się zaufaniem władz niemieckich. Z relacji jego siostry – Ireny Wilczkowiak – mieszkającej w tym czasie w Milanówku (gdzie mieszkała i ukrywała żydówkę, jako nianię do dzieci), wiadomo, że Andrzej spotykał się również z Władysławem Szpilmanem, pomagając mu w ukrywaniu się, dostarczaniu zaopatrzenia i w przerzutach do nowych kryjówek.