W 1822 dobra pocysterskie nabył hrabia Wacław Gutakowski, którego staraniem zabudowania otrzymali w 1850 kapucyni z Warszawy przeprowadzając gruntowną restaurację zabudowań i wyposażenia kościoła i klasztoru. Klasztor kapucynów zamknięty przez władze carskie w 1864 w wyniku represji po powstaniu styczniowym, w którym czynnie uczestniczył m.in. o. Maksymilian Tarejwo. W 1890 przy kościele erygowano parafię, wcześniej popadający w ruinę klasztor w 1888 przeszedł w ręce hr. Konstantego Przeździeckiego.
Od 1921 kościół i klasztor są własnością salezjanów i siedzibą niższego seminarium duchownego Towarzystwa Salezjańskiego. Salezjanie dokonali restauracji zniszczonych zabudowań klasztoru adaptując je na cele dydaktyczne. W latach okupacji niemieckiej Salezjanie zostali zmuszeni do opuszczenia klasztoru a kościół zamknięto. W latach 1939–1941 mieścił się tu niemiecki obóz przejściowy dla księży, głównie z diecezji włocławskiej. Wśród 152 więźniów lądzkiego obozu byli: ks. biskup Michał Kozal oraz wspólnota salezjanów z Lądu, z ks. dyrektorem Franciszkiem Miśką na czele. Większość więzionych księży i kleryków wywieziono z Lądu do niemieckiego obozu zagłady w Dachau, gdzie wielu z nich poniosło śmierć. Z tego grona, oprócz ks. bpa Michała Kozala, Jan Paweł II beatyfikował: ks. Henryka Kaczorowskiego, ks. Franciszka Drzewieckiego, ks.