Na jednej z południowopacyficznych wysp Lara dowiaduje się o potężnym bóstwie imieniem Puna, odkrywa także, że artefakt trafił na wyspę za sprawą jednego z załogantów Beagle’a. Dociera do świątyni Puny i pokonuje go, zdobywając drugi artefakt – Sztylet Ory. W Londynie zdobywa kolejny, będący w posiadaniu Sophii Leigh, prezes firmy kosmetycznej prowadzącej eksperymenty na ludziach, żeby zapewnić właścicielce nieśmiertelność i wieczną młodość. W Nevadzie Lara przedostaje się do Strefy 51, chcąc wykraść pilnowany przez amerykański rząd znajdujący się w rozbitym statku kosmicznym Pierwiastek 115. Chociaż zostaje złapana, udaje jej się zdobyć artefakt i uciec.

Po zebraniu wszystkich kamieni Lara wyrusza na Antarktydę, gdzie odkrywa, że Willard poznawszy meteoryt zaczął przeprowadzać eksperymenty na swoich ludziach zamieniając ich w mutanty, a wykorzystując meteoryt i artefakty zamierza doprowadzić do zmutowania całej ludzkiej populacji. Willard kradnie kamienie Larze, która rusza za nim w pościg przez ruiny wzniesionego na szczycie krateru starożytnego miasta Tinnos.