W 2007 roku Borja został wypożyczony do niemieckiego 1. FSV Mainz 05 z 2. Bundesligi. W 2008 roku został wykupiony przez Mainz z Olympiakosu. W 2009 roku awansował z zespołem do Bundesligi. Zadebiutował w niej 3 kwietnia 2010 roku w przegranym 0:2 spotkaniu z 1. FC Nürnberg. Przez 3,5 roku w barwach Mainz rozegrał w sumie 52 ligowe spotkania i zdobył 22 bramki.
W styczniu 2011 roku Borja został graczem meksykańskiego klubu Puebla. W lidze meksykańskiej zadebiutował 9 stycznia 2011 w zremisowanym 1:1 meczu z Guadalajarą, w którym zdobył także pierwszą bramkę dla Puebli. Podczas sezonu Clausura 2011 pojawił się na boisku łącznie 15 razy, zdobywając 6 bramek.
Latem 2011 Borja został zawodnikiem innego klubu z Meksyku, Pachuki.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 2001 CD El Nacional
Serie A 9 4 2002 CD El Nacional
Serie A 21 4 2003 CD El Nacional
Serie A 11 6 2004 CD El Nacional
Serie A 29 3 2005 CD El Nacional
Serie A 49 26 2006 CD El Nacional
Serie A 10 7 2006/07 Olympiakos SFP
Alpha Ethniki 23 5 2007/08 1. FSV Mainz 05
2. Bundesliga 32 16 2008/09 1. FSV Mainz 05
2. Bundesliga 19 6 2009/10 1.