Rozważano zrezygnowanie z umieszczenia w tytule frazy Tomb Raider, jednak ze względu na rozpoznawalność marketingową nazwy wycofano się z pomysłu. Jak tłumaczył Mike Schmitt z firmy Eidos, podtytuł gry Angel of Darkness miał zawrzeć „wskazówki dotyczące ciemniejszego i ostrzejszego wizerunku Lary” w grze. Jedną z inspiracji dla twórców była gra Splinter Cell. W grze pojawiło się nawiązanie do rasy nefilim, która została opisana w biblijnej Księdze Henocha.
Studio Core Design podzielono na dwa zespoły: jeden pracował nad grą Tomb Raider: Chronicles, a drugi zajmował się tworzeniem Tomb Raider: The Angel of Darkness na konsole PlayStation 2. Przy obu projektach pracował Richard Morton, główny programista gry. Gdy zespół deweloperów pod koniec 2000 zakończył prace nad Chronicles, dołączył do twórców The Angel of Darkness. Na tym etapie prac pojawiały się głosy o braku lidera, który odpowiednio pokierowałby projektem, przez co ekipa miała być „zdemotywowana” i „pozbawiona morali”, a sama gra miała być „zbyt ambitna”.