Życie prywatne David Lynch był żonaty czterokrotnie: z Peggy Lentz w latach 1967–1974, małżeństwo zakończyło się rozwodem. Następnie z Mary Fisk (1977–1987; rozwód), Mary Sweeney (2006–2006; rozwód) i Emily Stofle (2009–2025; do jego śmierci). mały|David Lynch Energa Camerimage 2017 Przewodniczył jury konkursu głównego na 51. MFF w Wenecji (1994) oraz na 55. MFF w Cannes (2002). Był członkiem Komitetu Honorowego festiwalu Camerimage.
Od lipca 1973 David Lynch praktykował medytację transcendentalną. W 1975 w ośrodku Spiritual Regeneration Movement w Los Angeles w Kalifornii poznał guru Maharishiego Yogi. Odtąd, aż do śmierci promował szkoły „latających joginów”, a pomagały mu w tym uznane gwiazdy muzycznego showbiznesu jak Donovan, George Harrison, Paul McCartney, Sheryl Crow, Eddie Vedder, Moby, Ben Harper, Trent Reznor i Mike Love z The Beach Boys.
Choroba i śmierć Lynch nałogowo palił papierosy. Zaczął palić w wieku 8 lat, w 2020 roku zdiagnozowano u niego rozedmę płuc, spowodowaną wieloletnim paleniem. Zmarł 15 stycznia 2025 roku, 5 dni przed swoimi 79. urodzinami. Doszło u niego do zatrzymania akcji serca, a jako przyczynę śmierci podano przewlekłą obturacyjną chorobę płuc.