W latach 1977–1986, 1988–1993 i 1995–1999 pełnił funkcję senatora. Dwukrotnie wchodził w skład rządu. Od marca 1986 do maja 1988 był ministrem spraw wewnętrznych w drugim gabinecie Jacques’a Chiraca. Od marca 1993 do maja 1995 pełnił funkcję ministra stanu oraz ministra spraw wewnętrznych i planowania terytorialnego w rządzie Édouarda Balladura. W związku ze swoją działalnością na tych stanowiskach stał się podejrzanym w kilku sprawach karnych. W 2004 zarzucono mu przyjęcie 12 mln baryłek ropy naftowej w zamian za publiczne wspieranie reżimu Saddama Husajna. W 2008 rozpoczął się proces, w którym Charles Pasqua oraz ponad 40 innych przedsiębiorców i polityków (w tym syn byłego prezydenta François Mitterranda) zostali oskarżeni o korupcję i udział w procederze nielegalnego dostarczania broni do Angoli.
W 1998 opuścił RPR, zarzucając jego liderom odejście od idei gaullistowskich. Powołał własną partię pod nazwą Zgromadzenie na rzecz Francji, która w 1999 w sojuszu z MPF zajęła drugie miejsce w wyborach do Parlamentu Europejskiego. Charles Pasqua sprawował mandat eurodeputowanego w okresie 1999–2004. Był przewodniczącym grupy Unii na rzecz Europy Narodów.