W 1845 roku rząd pruski wydał zgodę na rejestrację staroluterańskiego Kościoła Ewangelicko-Luterańskiego w Prusach, lecz aż do I wojny światowej nie był on równouprawniony z Pruskim Kościołem Unijnym i wielu wiernych z powodu represji wyemigrowało, głównie do Ameryki Północnej, tworząc tam nowe organizacje kościelne.
Do 1945 roku siedziba władz kościoła znajdowała się we Wrocławiu. Tutaj też działało staroluterańskie seminarium duchowne. Po II wojnie światowej ośrodek ten został przeniesiony do Elberfeld.
Obecnie na terenie Niemiec kontynuacją Kościoła Ewangelicko-Luterańskiego w Prusach oraz kilku innych Kościołów tej tradycji jest powstały w 1972 roku Samodzielny Kościół Ewangelicko-Luterański (SELK).
Kościół Staroluterański w Polsce
W okresie międzywojennym część pruskich parafii staroluterańskich znalazła się na terenie Polski. Działały one od 1920 roku w województwie poznańskim i województwie pomorskim jako Kościół Ewangelicko-Luterański w Polsce Zachodniej. Siedzibą superintendenta i konsystorza było początkowo Rogoźno, od 1935 roku – Toruń. Wspólnota staroluterańska w Polsce liczyła kilka tysięcy wiernych, przeważnie Niemców (w parafii Czarnylas mieszkali staroluteranie narodowości polskiej).