Jednostronna deklaracja niepodległości doprowadziła do wybuchu wojny w Saharze Zachodniej, w której Polisario starł się z wojskami marokańskimi i mauretańskimi. Liczne zwycięstwa Polisario doprowadziły w latach 1976–1977 do interwencji wojsk francuskich, które poparły stronę marokańską. W tym czasie Marokańczycy rozpoczęli bombardowania obiektów cywilnych za pomocą napalmu. W trakcie prób pacyfikacji Sahary Zachodniej zginęło tysiące jej cywilnych mieszkańców. Oddziały Polisario były zaopatrywane przez skonfliktowany z Marokiem rząd Algierii.

Mauretania, która zajęła południową część terytorium byłej kolonii hiszpańskiej, wycofała się z kraju w 1979 roku w wyniku działania ruchu oporu, a w 1984 rząd mauretański oficjalnie uznał niepodległość Sahary Zachodniej. We wrześniu 1991 roku wojnę pomiędzy Polisario a Marokiem zakończył rozejm. Według różnych źródeł w wojnie zginęło od 10 do 20 tysięcy osób. Od 1991 roku celem stabilizacji Sahary Zachodniej i doprowadzenia do referendum działa MINURSO stanowiąca misję pokojową ONZ. Decyzja o jej powołaniu do życia została zawarta w rezolucji Rady Bezpieczeństwa ONZ nr 690.