Prawie rok później, 6 sierpnia 1916, otrzymał z rąk Komendanta najbardziej cenione przez legionistów odznaczenie ustanowione przez Józefa Piłsudskiego – odznakę „Za wierną służbę”.
Po odzyskaniu niepodległości ksiądz Stanisław Żytkiewicz został mianowany Dziekanem Okręgu. Od 1 lutego 1919 był proboszczem dywizji Grupy Gen. Jędrzejowskiego. W czasie walk z Ukraińcami na wiosnę 1919 ksiądz Stanisław pełnił funkcję kapelana załogi obrońców Lwowa. Był tam w momencie śmierci jego przyjaciela z lat rzeszowskich, pułkownika Lisa-Kuli. To właśnie ksiądz Stanisław odprowadził kondukt pogrzebowy na cmentarz w Rzeszowie. W 1920 w czasie wojny z bolszewikami był dziekanem Frontu Południowo-Wschodniego (10 lipca – 6 sierpnia), Frontu Środkowego (6–15 sierpnia), Grupy Uderzeniowej i 2 Armii (18 sierpnia –16 września). Walki z bolszewikami i ich okrucieństwo wpłynęło na psychikę Żytkiewicza.
16 grudnia 1921 został zatwierdzony z dniem 1 kwietnia 1920 w stopniu proboszcza z 18. lokatą wśród kapelanów wyznania rzymskokatolickiego. 3 maja 1922 został zweryfikowany w stopniu proboszcza ze starszeństwem z 1 czerwca 1919 i 18. lokatą w duchowieństwie wojskowym wyznania rzymskokatolickiego, a jego oddziałem macierzystym była wówczas Kuria Biskupia.