W reprezentacji Japonii Naohiro debiutował 13 lutego 2000 roku w meczu z Singapurem. Pierwszą bramkę zdobył 3 dni później w spotkaniu z Brunei, które Japończycy wygrali aż 9-0. Najlepszy mecz w kadrze 28-letni napastnik zaliczył 30 maja 2006 w potyczce z Niemcami, kiedy to 2 jego gole pozwoliły Japończykom zremisować 2-2 z dużo silniejszym przeciwnikiem. Dotychczas Takahara w reprezentacji wystąpił 53 razy i strzelił 23 goli.
Wraz z kadrą występował na Mistrzostwach Świata U-17 w 1995 i Mistrzostwach Świata U-20 w 1999, Igrzyskach Olimpijskich 2000, Pucharze Konfederacji 2003, jak również na Mistrzostwach Świata 2006. Puchar Konfederacji 2005 i Mistrzostwa Świata 2002 opuścił z powodu kontuzji.
Sukcesy
Indywidualnie
Miejsce w najlepszej „11” Pucharu Azji 2000 Najlepszy zawodnik J-League: 2002 Król strzelców ligi japońskiej: 2002 Miejsce w najlepszej „11” J-League: 2002 Król strzelców Pucharu Azji 2007
Zespołowo
2. miejsce na MŚ U-20: 1999 Mistrzostwo Japonii: 1999, 2002 Liga Mistrzów AFC: 1999 Superpuchar Azji: 1999 Puchar Azji: 2000 Puchar Ligi Niemieckiej: 2003
Linki zewnętrzne Oficjalna strona zawodnika