Po wybuchu II wojny światowej i wcieleniu Gdańska do III Rzeszy, stocznia została przejęta 30 sierpnia 1940 przez państwo, pod nazwą Danziger Werft AG. W czasie wojny budowano w niej głównie U-Booty (ogółem 42 okręty typu VIIC).
W marcu 1945 Gdańsk został opanowany przez żołnierzy radzieckich. Wyposażenie stoczni było w części uszkodzone na skutek działań wojennych i plądrowania, lecz już latem 1945 została przekazana władzom polskim i od lipca rozpoczęto tam prace. Stocznia została przemianowana na Stocznię Nr 1. 19 października 1947 połączono ją ze Stocznią Nr 2 (dawną Stocznią Schichaua) i utworzono Stocznię Gdańską.
Okręty zbudowane w stoczni
Okręty podwodne z II wojny światowej typu VIIC: (wodowanie 16 XII 1940), , , U-404, , , U-407, , , , , , , , , , , , , , , , , , , , U-427, , , , i typu VIIC/41: U-1163, , U-1165, , , , , , , (wodowanie 3 XII 1943)
Okręty obrony wybrzeża zwodowany 1894
Krążowniki pancernopokładowe zwodowany 1897, wyporność 6791 t, 2 działa 210 mm, 6 dział 150 mm zwodowany 1897, wyporność 6705 t, 2 działa 210 mm, 6 dział 150 mm